مسجد جامع گنجه كه از بناهاي تاريخي جمهوري آذربايجان به شمار مي‏رود، از سال 1920م و پس از قدرت گرفتن حكومت الحادي كمونيستي در اتحاد جماهير شوروي سابق، به حالت تعطيل درآمده بود. مسجد جامع گنجه تا پايان عمر زمام‏داران كمونيست در همان حال باقي ماند تا اين كه با فروپاشي نظام اتحاد جماهير شوروي، سرانجام در 24 مارس 1989م، طي مراسمي همراه با برگزاري نماز جماعت، پس از هفتاد سال تعطيلي، بازگشايي شد. هم‏چنين به دنبال برخي تحولات سياسي در شوروي سابق و جمهوري‏هاي آن و با توجه به خواست همگاني مسلمانان جمهوري آذربايجان، ده‏ها مسجد بازسازي و مورد استفاده آنها قرار گرفت.